De Dominicuskerk is gebouwd op de plaats waar voorheen de schuilkerk "'t Stadhuys van Hoorn" stond. Deze kerk behoorde toe aan de paters Dominicanen.

De Dominicuskerk werd gebouwd in de periode 1883-1893. Eén van de belangrijkste architecten van die tijd, P.H.J. Cuypers, ontwierp het gebouw. Hij liet zich daarbij inspireren door de Italiaanse gotiek. Zo heeft de Santa Croce in Florence hetzelfde brede, in hout overdekte, schip, de smalle uitgebouwde apsis en de beschilderde oostwand met koor- en kapelopeningen. Cuypers ging bij het ontwerp van de Dominicus uit van een driebeukige basiliek met een breed schip.

De door Cuypers geplande toren van 85 meter hoog is er nooit gekomen, omdat de aanleg van een dergelijke toren in een dichtbevolkte Amsterdamse wijk als deze te veel gevaar zou opleveren voor de omwonenden.

Vanaf 1972 staat de Dominicuskerk op de monumentenlijst.

Het beperkte bouwoppervlak had eveneens invloed op Cuypers' ontwerp. Zo heeft de kerk geen kruisgewelven boven het schip. Dergelijke gewelven zouden bredere zijbeuken en lucht- of schraagbogen vereisen en daarvoor was op het beperkte terrein geen ruimte. Cuypers koos voor een vlakke zolder op balken en bogen van getrokken en gesmeed ijzer.

Op 8 mei 1893 werd de kerk ingewijd door de toenmalige bisschop van Haarlem, mgr. Bottemanne.